改变命名规则的影响
自从2011年决定放弃真菌的双重命名（Hawksworth 2011, Hawksworth et al. 2011），通过被称为“一真菌一名称”的运动，我们都期待命名法则会变得更简单和稳定，对于许多真菌而言确实如此。然而，也存在例外的情况。特别是最近提议将Candida glabrata改名为‘Nakaseomyces’（Takashima & Sugita, 2022），引起了临床医生的不满。即使已经制定了保护名称的程序以避免混乱的后果，命名法则还是成为一个激烈讨论的话题（Borman & Johnson 2023, de Hoog et al. 2023, Denning 2023, Kidd et al. 2021, 2023）。这究竟是为什么呢？
“一真菌一名称”是由分子学的进展所驱动的。子囊菌和担子菌在微生物中独具特色，展现出分离的有性形和无性形，通常在不同的栖息地中表现出来：有性形大多在相对恶劣的条件下发现，而无性形则在容易、富含营养的离体条件下快速繁殖。因此， 在Louis Pasteur时代之后，真菌学发生了巨大变化：19世纪的分类是基于有性形态，而20世纪则以培养中的无性形态为主导。揭示两者之间的一致性成为基础研究的重点。在所有形态的真菌名称中，以有性形态的名称为首选，直到2011年，分子学开始主导。
有性形和无性形的基因组是相同的。自在2011年开始，建议使用最古老的名称，无论是有性还是无性的，因为这显然是最容易接受的。这样能减少旧名称被年轻的同义词取代的风险。这一命名法则的变化完全合乎逻辑和可以理解的。几乎整个科学界都欢迎“一真菌一名称”。然而，在这个方法被采用之前，已经有数以万计的物种被描述，并且所有这些菌种都必须根据新规则进行重新评估。使“一真菌一名称”被广泛采用的原则，即DNA测序，决定了当前的系统发育分类方法。具有相似形态的真菌可能是完全无关的。当两个物种远离时，它们的行为很可能是非常不同的，或者相似行为的遗传背景不同，这是不将它们归类为一个属的充分理由。
例如，两个形态相似却毫不相干的种就发生在Madurella属中，这是一种不产孢的真菌属，引起人类真菌瘤。两个经典菌种，M. mycetomatis和M. grisea，培养物的区别仅为是否产生黑色菌丝，并仅通过M. mycetomatis产生一种细胞外色素，M. grisea不产生细胞外色素而得以区分。测序数据显示，前者属于子目Sordariomycetes，后者属于Dothideomycetes – 因此两者极为不同。Madurella mycetomatis是沙漠土壤真菌，而M. grisea则在温带气候中的水中反复出现，其病理相似性是巧合。所有人都同意这两者之间没有关系，它们不应该归类为同一属。因此，Madurella grisea被重新分类为Trematosphaeria grisea（Ahmed et al. 2018）。
在子囊菌酵母中，有些外观相似的物种可能存在着很大的差异，如何正确定义这些菌株？这是一个紧迫的问题。比如说，基于系统发育重新整理某些念珠菌属的种可能是不可避免的。第二个问题是，自2011年后，酵母分类学家以有性形的名称作为命名的标准，而不是使用最古老的名称，这与其他真菌类群的做法不同。需要对所有地方应用相同的规则进行变革：例如，许多子囊菌酵母具有更古老、经过验证的同义词和有效类型。幸运的是，名称也可以提出保留，就像对Coccidioides posadasii所做的那样，该种有不少于七个更古老、有效的名称可供选择（de Hoog et al. 2023）。保留已有名称的做法可避免变更引起的不利情况。尽管如此，我们必须做好准备，特别是在酵母中，我们将经历一段变革期，直到未来达到稳定。
名称更改通常在进行良好分类工作的框架内提出的，专注于特定属或部分属。一些传统物种的系统发育变更已经完成是因为它们在某些地方似乎与念珠菌等有所不同。但是系统发育树是相对的，会随着比较的对象不同而变化。类似Groenewald et al.（2023年）和Opulente et al.（2023年）的出版物，对所有子囊菌酵母进行的综述总览，对这种分类样本效应影响较小，可以之后进行平衡选择的详细研究。对酵母菌种的重新分类是一项全球性的工作，需要整个研究和用户社区的支持。我们建立了一个由ISHAM、ECMM和FDLC*组成的委员会，该委员会可以联合专家和用户对需要变更的数据进行综合讨论。希望这将为未来临床属和种的命名提供最佳建议。不断更新的列表www.atlasclinicalfungi.org/nomenclature找到。经过相关命名委员会的批准，该列表可以作为附录加入藻类、真菌和植物命名法规的国际代码中。有兴趣的真菌学家都可以申请加入以上命名委员会。
*ISHAM = International Society for Human and Animal Mycology (https://www.isham.org); ECMM = European Confederation of Medical Mycology (https://www.ecmm.info); FDLC = Fungal Diagnostic Labs Consortium (https://labs.pathology.jhu.edu).
References:
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